Afin de mener à bien ces missions, le LMI NAÏLA s’est doté de plusieurs outils de gouvernance, qui sont détaillés ci-dessous.
Le comité des tutelles
Est composé des représentants des tutelles (IRD, MESRS / DGRS et MARHP / IRESA), des membres du comité de direction, ainsi que du représentant de l'IRD en Tunisie et d'un représentant de l'ambassade de France en Tunisie qui ont tout deux une voix consultative. Le comité des tutelles a pour missions de statuer sur le périmètre institutionnel du LMI, sur la constitution du comité de direction, ainsi que sur la poursuite du LMI ou sa réorientation vers une autre forme de soutien.
Le comité de direction
Est composé des deux co-directeurs et d'un représentant de chacun des partenaires principaux. Il a pour missions de diriger et d'orienter les activités du LMI, d'assurer la gestion de l'ensemble des moyens mis à la disposition du LMI, de rechercher de nouveaux partenaires dans les pays du Sud, de préparer des réponses aux appels à projets compétitifs, ainsi que de produire les rapports d'activités, d'autoévaluation et de prospective.
Les animateurs d'axe
Sont au nombre de deux par axe, afin de constituer des binômes tuniso-français. Les animateurs d'axes pour pour mission de coordonner les activités des axes en cohérence avec les enjeux scientifiques du LMI, de contribuer à la structuration des activités entre les axes, et d'inciter à la préparation de réponses aux appels à projets compétitifs.
Le comité de suivi scientifique
Est une instance de réflexion et de proposition en matière de politique scientifique. Il est composé du comité de direction ainsi que d'un panel de personnalités scientifiques extérieures reconnues pour leurs expertises dans les thématiques de recherche du LMI. Il a pour mission (1) de conseiller la direction du LMI sur les orientations scientifiques, les activités de formation et de valorisation, et (2) de formuler un avis sur la pertinence et l’opportunité des activités, la mobilisation des moyens, ainsi que sur l'organisation et le fonctionnement du LMI.
Comité des utilisateurs
Est une instance de réflexion et de proposition en matière de politique de valorisation. Il est composé du comité de direction et de 14 membres issus du monde professionnel: 5 directions techniques (DG-BGTH, DGGR, DGRE, DG-ACTA / D Sols, DGPA), 1 observatoire opérationnel (ONAGRI), 3 instituts techniques (CTA, INGC, AVFA), 2 commissariats régionaux pour le développement agricole (CRDA Kairouan, CRDA Nabeul), 2 industriels (NGI-MAGHREB, SMVDA TUSALCO) et 1 agence de développement (AFD). Il a pour mission de contribuer à l'analyse post-ante et ex-ante des modes de gestion, de préciser les besoins des utilisateurs finaux et intermédiaires, de proposer des orientations de recherches en cohérence avec les priorités définies par la politique agricole nationale en Tunisie, et de co-construire avec les chercheurs du LMI les innovations répondant aux besoins.